A Pécsi MSC megalakulásakor nem kevesebb, mint 21 szakosztállyal indult útjára, melyek a betűrendbe szedve egy gazdag palettát alkottak. Az asztalitenisz, atlétika, birkózás, cselgáncs, kajak-kenu, kerékpár, kézilabda, kosárlabda, labdarúgás, lovassport, motor, öttusa, sakk, súlyemelés, teke, természetjárás, torna, úszás, vívás és vízilabda mind-mind a Pécsi MSC sportéletének szerves részeivé váltak.
Az idők során azonban az egyesület sportágai egyre inkább önállósodtak, és végül csak a labdarúgás maradt meg a Pécsi MSC palettáján. A vezetőség olyan kiváló személyiségekből állt, mint Toller László, a Megye Népi Ellenőrzési Bizottság elnökhelyettese, aki későbbi pécsi polgármesterünk, az azóta elhunyt városvezető édesapja volt. Az első elnöki posztot Wieder Béla töltötte be, akit a Városi Tanács első embereként tiszteltek meg.
Az egyesület elkötelezte magát az alapítók hagyományainak fenntartása mellett, bár a történelmi változások miatt nem minden cél valósulhatott meg maradéktalanul. Ahogy a forró 1995-ös nyár beköszöntött, a Pécsi MSC együttesénél kezdtek problémák felmerülni. Csak három szakosztály maradt meg, és egy frissen alakult befektetői csoport, melyet Tóth Béla vezetett, és inkább a labdarúgással foglalkozott, váratlanul kivonult a támogatók közül. Az eltérő nézetek a profi körülményekről, az üzleti elképzelésekről és a labdarúgásról vezettek a csoport széthullásához, ami az egyesület számára komoly anyagi és erkölcsi kihívások elé állította azt 1995. július 18-án. Ezen a napon a Pécsi MSC számára új fejezet kezdődött, melyet váratlan és nehéz időszakok, de egyúttal az újjáépítés és a fejlődés lehetőségei is jellemeztek.
