Az 1995-1996-os bajnoki évad előtt, pontosabban augusztus 5-e előtt, a „hármak” csoportja már jogi útra terelte az ügyet, és a Cégbírósághoz fordult, hogy hivatalosan bejegyeztessék a Pécsi Mecsek Futball Clubot (PMFC-t). A labdarúgók első elnökévé Major Bélát nevezték ki, és a sportági szakszövetségek módosították a sportolók igazolásait. Az anyagi veszteség szinte nyomtalanul eltűnt, lehetővé téve mindenki számára, hogy tiszta lappal kezdjen, feltéve, hogy az ilyen típusú megoldás elfogadhatónak tekinthető.
Ez időszak alatt fontos szerepet játszott a Pécsi MSC labdarúgó-szakosztályának alelnöke, dr. Toller László, aki 1992 és 1995 között töltötte be ezt a pozíciót. Ő volt az, aki 2010-ben elhunyt, és aki később Pécs polgármestereként ismeretes lett. Dr. Toller László vállalta az önálló klub elnöki feladatait 1997. április 25-től, hozzájárulva az egyesület vezetéséhez.
A következő fontos mérföldkő 2007 nyarán következett be, amikor Matyi Dezső megszerezte a Pécsi MFC többségi tulajdonrészét. Ez a lépés mintegy 57 év elteltével történt, és azt mutatta, hogy a lassú átalakulás során már komoly magántőke is bekapcsolódott a klub működésébe. Ennek eredményeként a klubnak új irányvonalat és lehetőségeket nyíltak meg, amelyek hozzájárultak a Pécsi MFC továbbfejlődéséhez és versenyképességéhez a magyar labdarúgás színterén.
