A Pécsi MFC sok tekintetben örökölt a jogelődjeitől, különös tekintettel a klub címerére, melynek története az eredeti Dózsa-rajztól vezet az idők során kialakult Pécsi MFC-MATIAS jelképig.
Az eredeti Pécsi Dózsa címer meglehetősen egyszerű volt: lila körben egy ötágú vörös csillag. Az 1950-es évekig ezen jelkép határozta meg a klubot, ami az akkoriban megszokott központilag rendelt mintákat követte. A Dózsa név történelmi hátterében György, a parasztvezér állt, akit a klub névadójaként választottak a harcosságáért és a néphez való közeliségéért. A szocialista táborban a Dynamo (Dinamó) név volt elterjedt a belügyi gárdák körében, ami hatással lehetett a Dózsa névválasztására.
Az 1973-as év hozta el az új korszakot, amikor megalakult a Pécsi MFC. A piros-fekete színek az Ércbányász SC-től származtak. A klub címere, noha átalakult az idők során, megtartotta az eredeti jelkép színeit és szellemiségét. Az eredeti címertanban leírtak szerint a címer egy pajzs alakú, aranyszegéllyel határolt jelkép, melyen aranybetűkkel a Pécsi felirat található a felső negyedben. Az alsó háromnegyed részben piros-fekete színű, középen három nagybetűvel az MSC felirat szerepel, aranyszínű vonallal elválasztva.
Az idők folyamán a Pécsi MFC címere is változott, de a folytonosságot követve megtartotta a piros-fekete színeket és az eredeti jelkép szellemiségét. A klubnak több változata létezik, és bár az ívek és egyes részletek eltérnek, a közönség által gyakran skandált „Csak a Munkás!” jelszó továbbra is hűen őrzi a múlt dicsőségeit. A címerben hiányzó részletek, mint az emberek, tárgyak, állatok vagy egyéb címerképek, nem befolyásolják a jelkép lényegét és szimbolikáját. A címer színei – a piros a bátorságot és harciasságot, míg a fekete a gyászt, gazdagságot és gonoszságot jelképezi – továbbra is erőteljesen tükrözik a klub identitását.
